O jato Legacy 650, da categoria large, foi desenvolvido com base na bem-sucedida plataforma do super midsize Legacy 600, oferecendo maior alcance e capacidade para até 14 passageiros.
Como foram construídas duas aeronaves cada uma teve seu primeiro voo e roll out, que ocorreram em 23 e 24 de setembro de 2009.
O lançamento do Legacy 650 ocorreu em 19 de outubro de 2009, durante coletiva de imprensa na 62ª Convenção e Encontro Anual da Associação Nacional de Aviação Executiva (National Business Aviation Association – NBAA) dos EUA. No dia seguinte ao seu lançamento, nesta mesma feira, foi assinada a primeira venda da aeronave: dois jatos executivos Legacy 650 para a Aircraft Asset Management AAM GmbH, da Alemanha. As aeronaves serão operadas pela DC Aviation tradicional empresa de fretamento de jatos particulares e cliente do Legacy 600 também localizada na Alemanha.
Em agosto de 2010, a Embraer apresentou pela primeira vez ao público o jato executivo Legacy 650, na sétima edição da Latin American Business Conference and Exhibition (LABACE) que ocorreu em São Paulo (SP). Apenas dois meses após a exibição na LABACE, a aeronave foi certificada pela Agência Nacional de Aviação Civil (ANAC) e a Agência Européia para a Segurança da Aviação (European Aviation Safety Agency – EASA).